La section natation compte près de 300 membres actifs et représente donc la section la plus importante du club. Les allers et retours dans les bassins fribourgeois de ces nageurs ont fait parler du Club pendant ces 7 dernières décennies.
Les nageurs prennent part à leurs cours dans les différentes piscines de la ville:
| Piscine de l'École Libre Public (ELP) | Avenue du Moléson 10 |
| Piscine du Levant | Route de l'Aurore 5 |
| Piscine du CO de Jolimont | Rue des Écoles 15 |
| Piscine du Collège St-Michel | Rue St-Pierre Canisius 10 |
| Bains de la Motta | Chemin des Bains |
Locomotive de la natation fribourgeoise, le club est pensionnaire de la LNB masculine depuis 3 ans. Après une grande euphorie dans les années 80, la natation est à son meilleur niveau depuis 5 années, tant chez les adultes que chez les jeunes compétiteurs.
Bien que la natation soit un sport individuel, la culture de l’esprit de groupe est depuis toujours une force du Fribourg-Natation.
La section natation comporte trois groupes de natation de compétition, à savoir :
le groupe élite: sportifs adolescents de niveau suisse
le groupe compétition: sportifs adolescents de niveau romand
le groupe précompétition: jeunes sportifs de tous niveaux qui s'initient à la natation de compétition
Fribourg-Natation est avant tout un club formateur et compte avec de nombreux espoirs. Les différents groupes affirment une forte progression et rencontrent des résultats de très bon niveau, tant lors des compétitions régionales et cantonales, que nationales (championnats suisses espoirs ou open).
Chaque année, les meilleurs nageurs participent à des meetings internationaux.